Der findes 3 afdelinger på Skovgården: Gul, Rød og Blå.

Gul og Rød er Skovgårdens 2 døgnafdelinger, mens Blå er dagbehandlingsafdelingen, hvor børn, der bor hjemme, er om eftermiddagen efter skoletid.

Både dagbørn og døgnbørn går på Skovgårdens Skole.